Der Hauptentwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass die Auswahl eines einzelnen Protagonisten ihre Erfahrungen nicht wesentlich beeinflussen wird. Das Spiel enthält zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai, deren Aufnahme eine Diskussion vor der Veröffentlichung hervorgebracht hat.
Es ergaben Bedenken, dass die Fokussierung auf einen Charakter zu fehlenden wichtigen Handlungspunkten oder einem Gameplay führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: Er spielt normalerweise 3-5 Stunden mit einem Charakter, bevor er 2-3 Stunden lang zum anderen wechselt.
Dumont stellte jedoch klar, dass die Spieler durch die Bevorzugung eines Charakters nicht stark benachteiligt werden werden. Während jeder Protagonist einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler, ihren bevorzugten Charakter zu priorisieren:
"Das Kernspiel bleibt unabhängig von Ihrer Wahl konsistent. Sie werden die wichtigsten Handlungselemente nicht verpassen. Jeder Charakter hat seine eigene Einführung und Quests, aber die Gesamterfahrung ist so konzipiert, dass sie flexibel ist. Spielen Sie als Ihre Favoritin. Die Geschichte wird sich anpassen."
