O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico, cuja inclusão gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar à falta de pontos cruciais da trama ou jogabilidade. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele normalmente joga de 3 a 5 horas com um personagem antes de mudar para o outro por 2-3 horas.
No entanto, Dumont esclareceu que os jogadores não serão severamente desfavorecidos, favorecendo um personagem. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a priorizar seu caráter preferido:
"A jogabilidade principal permanece consistente, independentemente de sua escolha. Você não perderá os principais elementos da trama. Cada personagem tem sua própria introdução e missões, mas a experiência geral foi projetada para ser flexível. Jogue como seu favorito; a história se ajustará".
