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《尼爾：機械紀元》的主要劇情分為三個流程。雖然前兩個流程有很多重疊部分，但第三個流程清楚地表明，即使第一次通關後，仍有大量故事等待探索。
雖然你需要完成三個主要流程，但有多個結局可供體驗，有些結局比其他的更加完整，有些則需要你扮演特定角色並執行特定操作。以下列出了所有三個可操控角色以及如何在它們之間切換。
《尼爾：機械紀元》所有可操控角色
《尼爾：機械紀元》的故事圍繞著2B、9S和A2展開。2B和9S是搭檔，根據你在每個流程中花費的時間多少，他們兩個 arguably 會獲得最多的屏幕時間。每個角色都有自己獨特的戰鬥風格，即使你始終裝備相同的插件芯片，在所有三個流程中扮演每個角色仍然會帶來不同的體驗。2B、9S和A2在整個遊戲中都是可操控角色，但切換操控角色可能並非易事。
《尼爾：機械紀元》如何切換角色
在遊戲的第一輪流程中，你無法隨時切換角色。每個流程中操控的角色是：
- 流程1 - 2B
- 流程2 - 9S
- 流程3 - 2B/9S/A2，根據劇情需要在每個角色之間切換。
選擇遊戲的主要結局之一後，你將解鎖章節選擇模式，現在你可以選擇你想要操控的角色。使用章節選擇模式，你可以選擇遊戲的任何17個章節來重新開始遊戲。在許多章節中，你會看到屏幕右側的數字會根據已完成或未完成的支線任務而變化。如果某個角色在該章節中有任何數字，你可以選擇以該角色的身份重新遊玩該章節。
一些較後的章節，大部分是流程3的章節，隻允許你以特定角色遊玩特定章節，這一點不會改變。通過章節選擇，你可以隨時更換角色，但你也需要將遊戲進度切換到該角色在主線劇情中可操控的任何位置。隻要你在進入另一個章節之前存檔，在章節選擇模式中完成的任何操作都將保留，讓你在努力達到最高等級時，提升所有三個角色共享的等級。
