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《尼尔：机械纪元》的主要剧情分为三个流程。虽然前两个流程有很多重叠部分，但第三个流程清楚地表明，即使第一次通关后，仍有大量故事等待探索。
虽然你需要完成三个主要流程，但有多个结局可供体验，有些结局比其他的更加完整，有些则需要你扮演特定角色并执行特定操作。以下列出了所有三个可操控角色以及如何在它们之间切换。
《尼尔：机械纪元》所有可操控角色
《尼尔：机械纪元》的故事围绕着2B、9S和A2展开。2B和9S是搭档，根据你在每个流程中花费的时间多少，他们两个 arguably 会获得最多的屏幕时间。每个角色都有自己独特的战斗风格，即使你始终装备相同的插件芯片，在所有三个流程中扮演每个角色仍然会带来不同的体验。2B、9S和A2在整个游戏中都是可操控角色，但切换操控角色可能并非易事。
《尼尔：机械纪元》如何切换角色
在游戏的第一轮流程中，你无法随时切换角色。每个流程中操控的角色是：
- 流程1 - 2B
- 流程2 - 9S
- 流程3 - 2B/9S/A2，根据剧情需要在每个角色之间切换。
选择游戏的主要结局之一后，你将解锁章节选择模式，现在你可以选择你想要操控的角色。使用章节选择模式，你可以选择游戏的任何17个章节来重新开始游戏。在许多章节中，你会看到屏幕右侧的数字会根据已完成或未完成的支线任务而变化。如果某个角色在该章节中有任何数字，你可以选择以该角色的身份重新游玩该章节。
一些较后的章节，大部分是流程3的章节，只允许你以特定角色游玩特定章节，这一点不会改变。通过章节选择，你可以随时更换角色，但你也需要将游戏进度切换到该角色在主线剧情中可操控的任何位置。只要你在进入另一个章节之前存档，在章节选择模式中完成的任何操作都将保留，让你在努力达到最高等级时，提升所有三个角色共享的等级。
