Nhà phát triển chính của Assassin Creed Shadows đảm bảo cho người chơi rằng việc chọn một nhân vật chính sẽ không ảnh hưởng đáng kể đến trải nghiệm của họ. Trò chơi có hai nhân vật có thể chơi được: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một Samurai châu Phi lịch sử, người đã đưa ra cuộc thảo luận trước khi phát hành.
Những lo ngại nảy sinh rằng việc tập trung vào một nhân vật có thể dẫn đến việc bỏ lỡ các điểm cốt truyện quan trọng hoặc trò chơi. Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đã giải quyết những mối quan tâm này, mô tả cách tiếp cận cân bằng của riêng mình: ông thường chơi 3-5 giờ với một nhân vật trước khi chuyển sang người kia trong 2-3 giờ.
Tuy nhiên, Dumont làm rõ rằng người chơi sẽ không bị thiệt thòi nghiêm trọng khi ủng hộ một nhân vật. Trong khi mỗi nhân vật chính tự hào có các chuỗi mở đầu và cốt truyện cá nhân độc đáo, thì câu chuyện của trò chơi thích nghi với sự lựa chọn của người chơi. Ông khuyến khích người chơi ưu tiên nhân vật ưa thích của họ:
"Lối chơi cốt lõi vẫn nhất quán bất kể bạn chọn. Bạn sẽ không bỏ lỡ các yếu tố cốt truyện chính. Mỗi nhân vật đều có giới thiệu và nhiệm vụ riêng, nhưng trải nghiệm tổng thể được thiết kế để linh hoạt. Chơi như yêu thích của bạn; câu chuyện sẽ điều chỉnh."
